怎样花最少的钱，做最可靠的基因检测？数据重分析的一些思考 ...
解读
鹏哥
2023-9-20 15:47
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摘要
先说小结（个人想法、仅供参考）：基因报告不需要换个医院就复查，相同内容的做一次就够了。如果对结果不确定，可以通过原始数据重分析的方式获取新的发现。多个报告的汇总有助于综合各医院专家所长，获得更全面的结 ...
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先说小结（个人想法、仅供参考）：基因报告不需要换个医院就复查，相同内容的做一次就够了。如果对结果不确定，可以通过原始数据重分析的方式获取新的发现。多个报告的汇总有助于综合各医院专家所长，获得更全面的结论。1、 这里的基因检测指的是一次性检测很多基因、很多位点的项目。比如全外显子测序（WES）、基因芯片（CMA/CNV Seq）等大组合的基因检测；少量位点的基因检测如耳聋芯片、新冠核酸、基因用药等，位点少、流程清晰，按既定方案分析即可。2、 基因检测分为检测实验和数据分析两个部分。检测实验的流程相对标准化，不同机构间通常不会有太大差异。如对检测结果有疑问，可以换技术进行复核、拓展，同样技术通常没有必要反复检查。3、 基因检测的重点是数据分析和解释，出自分析报告团队，极其依赖经验和能力。不同机构间可能会因为经验、习惯等不同，出现报告不一致的情况。对报告有额外期待时，可以考虑换个地方对原始数据做重新分析，不需要重新检测。4、 一个机构的临床医生看基因报告并解释的习惯，通常与其合作的基因检测机构相匹配。看到其他机构出具的报告时，存在看不懂、或者看错的可能性。如果确实需要换地方看报告，最好的方法是让下一家医院对原始数据重新进行分析，拿个报告过去很难有所发现、反而容易弄巧成拙。5、 随着临床信息的完善、医学技术的进展，同一份基因检测数据在一段时间之后或者获得了新的临床信息之后，回到同一机构进行再次重分析也可能获得新的信息，指导临床诊断、治疗。很多检测单位都提供有限次数的免费或低收费数据重分析服务，建议充分使用。6、 数据重分析存在诸多困难，现在能实施的单位不多，一时问不到不要气馁，多试几家。确实问不到的话可以试试重做检验。样本局限实在没办法再做一次的，就没办法了。临床基因检测，特别是很多基因的大组合检测（外显子测序WES、基因包Panal等）是现阶段遗传学分析的重要途径。在遗传病、肿瘤、病原体等领域，对疾病诊断、治疗、下一代生育等方面都具备无可替代的价值。但是基因检测报告达不到预期要求的情况也常常出现。国外曾做过实验，一份检测数据送给全世界顶级的10多个实验室做分析，报告结论能出来7-8种，各有各的理由，都挺有道理。一次大组合的基因检测动不动就大几千、上万块钱。一般人不太可能重复做上10次8次，然后综合结果来看。况且，一般都是医生说做哪个就哪个，很少能自己挑选的。如果对手头的基因检测报告存在更多想法的时候，该怎么办呢？之前有位妈妈，第一胎因为宝宝智力不好。在某大医院找著名专家做了基因检测，发现是隐性遗传病，得到的建议是再发风险25%，下一胎需要预防。后来这位女士又怀孕之后，便想找地方做产前诊断，结果跑了几个知名的大医院，遗传咨询医生都不认可这个结果；不给做羊水穿刺。孕妇不放心，于是就大老远的跑来找我咨询，碰碰运气。拿到手的报告挺厚实的，结论是某AR基因上有一对复合杂合突变，分别来自于父母。评估结果是临床致病性。报告没有把打分标准一条条列出来，但从位点的类型、频率、临床表型记载来看，定为相关非常牵强。这个结果看起来不太像致病原因。一边跟孕妇解释，这种情况达不到产前诊断的要求；一边根据小朋友的病情思考着下一步该怎么办？重分析、WGS、甲基化、RNA seq还是哪个方向；一边随意地往后翻着WES报告。然后就无意识地在一堆其他发现中，看到了一个熟悉的基因名字。这个基因异常导致的疾病非常罕见，不过我以前恰好见过，临床表现跟这个小孩很相似。凭经验，我觉得很有可能就是这个疾病。于是在我的建议下，小朋友做了针对性检测，得到了确诊；疾病搞清楚了，遗传模式也知道了，产前诊断也能做上了。那么问题来了，为什么基因检测报告没有查到呢？为什么从临床专科到遗传咨询这么多专家都没有看出来呢？对于检验机构。大概率是因为做检测、发报告的工作人员不熟悉这个基因、这个疾病，所以看到了也不敏感，没能挑选出来。虽然这些年基因检测遍地开花，看起来谁都能来一下的样子。但实际上做基因分析的能力要求非常非常高。打个不是特别恰当的比方，和古董专家鉴宝有点相似。学识深厚、经验丰富确实容易看得准，但也难免有打眼的时候。这家检验机构的工作也算严谨。虽然自己看不准，但在报告中给列出来了，期待后面的临床医生看报告时能够发掘出来。至于没能看出来，那就是临床医生的锅了。对临床科室的专家而言，一般的工作要求是对于报告上写清楚的疾病和遗传模式能做出符合遗传学规律和临床需求的解释。一个位点的分析起码要查文献、看资料、对病历好几个小时，这还是顺利的情况下。要临床专家在有限的时间内凭着报告本身就能额外发现异常的来源，这不现实。至于这一次我能够看出来问题，主要还是靠运气。见过几次类似病例，讲过几次课，所以印象深刻。下次换个基因、换个报告，可能就不灵了。而且我也是做了其他验证实验才确定的，光凭这份报告是不够的。那难道患者就只能自认倒霉吗？花了大价钱，做个基因检测。结果是有争议的，专家意见是表明的；由此产生的指导意见是就事论事的；最后生育异常宝宝、或者耽误了治疗，一辈子的痛苦却是自己承担的。这就不太合理了，需要有所思考。具体的想法就是开篇讲的内容，对基因结果有疑问时，可以考虑换个地方做数据重分析。把患者检测结果的原始数据送到不同的医院，请相应团队重新进行分析。因为经验、习惯、专业方向不同。不同机构有可能分析到不同的结果。我们这边会收到其他单位索取原始数据重新分析的申请，我们也会跟其他机构索取原始数据进行重新分析。时不时地也会有不同看法的结果出现。当然重分析也不会只有好处，有时候多个报告放在一起，更容易让人困惑。A单位说这个结果有风险，B单位说另一个结果也有风险，C单位说还有个结果也很可怕。这种情况并不少见，特别是对于容易纠结的人来讲，更容易落入其中，难以决断。所以，在做基因检测数据重分析之前，需要有充分的心理准备。很可能你的焦虑情绪没能得到缓解，反而增加了新的焦虑。三思而后行。其他的心理准备还包括愿意做数据重分析的医院不多；愿意其他单位拿取本地数据做重分析的医院更少。不好找。原因也很简单，基因检测是检验；但数据分析是临床工作。重分析之后和原来机构的意见不一致时，从医学的角度来看是非常正常的。相当于一个发烧过来，甲医生怀疑流感、乙怀疑肺炎、丙怀疑SARS、丁怀疑新冠、戊怀疑心脏病、己怀疑阑尾炎、庚怀疑运动损失、辛怀疑内分泌疾病、壬怀疑肿瘤、癸怀疑。。。这些都没错。不过病人有时候不能理解，认准了一个方向之后，就会觉得其他医生水平不行，有可能引起纠纷。而且，基因检测的核心在于分析。按国外的专家说法，1000$的测序，10000$的分析。分析费用应该占检测总费用的90%。国内没法高收费就算了，环境也不好。之前有个病例，我们团队发的报告。病人拿到报告后不来找我们咨询，而是跑了几个医院后回来找我们领导抱怨。说我们的报告上吓死人，故意害她。人家某某教授意见是怎么怎么样的，我们单位的报告发的不靠谱，太坑人。领导回来找我了解情况，再去询问那个某某医院的某知名教授（圈子不大，都是熟人），人家压根不是这么说的，被扭曲理解了。最后虽然证明了我们是对的，但过程很不愉快。在现在的社会环境下，做基因检测的数据重分析社会认同低、难度大、压力更大、容易引起同行矛盾、容易引起病患问责。基因数据的管理也非常严格，容易踩红线。这种情况下，大家都不动，谨慎点也是无可厚非的。活下来才能更好地实现理想、做个好医生。
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