今日，《全国血液微生物 cfDNA 宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告》（简称：2023年报告）发布了，基本上各个厂家都发布了喜报，取得了满分的好成绩。这里面也有一些有意思的事情跟大家分享下。第一， ...
|
今日，《全国血液微生物 cfDNA 宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告》（简称：2023年报告）发布了，基本上各个厂家都发布了喜报，取得了满分的好成绩。 这里面也有一些有意思的事情跟大家分享下。 第一，国产测序仪崛起 我们拿这次报告跟2022年的《全国下呼吸道感染宏基因组（DNA和RNA）高通量测序室间质量评价预研活动结果报告》（简称2022年报告）进行一个对照会发现国产测序仪的占比和接受程度都有了很大的提高。 之所以说是对照，是因为本次检测的是血液微生物，2022年的是下呼吸道宏基因组，所以说比较是不准确的。 比如，本次ONT没有采用并不能说明ONT在mNGS上没人用了，而是这个项目参与者没有采用ONT的测序仪。 我们可以发现： 1，MGI华大智造在此项目中采用率超过了Illumina，市占率拿下冠军。 2，真迈/赛陆渗透进mNGS市场，特别是赛陆值得点赞。 3，Ion Torrent...嗯...呃... 第二，参与方的巨大进步 还是个不严谨的对比，我们假设这两个项目的难度是相似的（实际上并不是）。 可以看到，2022年报告中各个厂家的合格率41.8%（80分以上合格），而2023年报告中合格率则为78.46%（90分以上合格）。 甚至可以明显的看到2023年满分的厂家比例极高，相对2022年有了质的飞跃。 从漏检（假阴性）情况来看，参与的130家厂家中有122个能够完全检出39个微生物，占比98.85%。 123家未出现假阳性微生物检出情况，但是值得注意的是有3家报告了100个以上的假阳性微生物，建议这3家好好反省下自己。 第三，总有非主流 2023年报告还有一些有意思的数据，比如96.2%的厂家使用了单端测序占据绝对主流，但是就有5家要用双端测序。 嗯，有道理。 读长采用50bp的最多，达到80.8%。 但是，还有个非主流用了40bp。 有113家样本周转时间在12-24小时，6家在24小时以上。 我很怀疑这6家就是采用100pb和150bp测序读长的两家。 总结 最后，我们稍微总结一下。 我们国产测序仪的市场渗透率和市场占有率在持续提高，MGI华大智造在本次拔得头筹，希望不要骄傲、再接再厉。 我们的mNGS服务厂商技术在不断进步，假阴假阳项目表现优秀。 我们仍然有部分厂家技术令人感到困惑，希望尽快改进，或建立退出机制。 |
微信公众号
微博账号
商务合作
